Da die Kirche im Zweiten Weltkrieg teilzerstört wurde, entschied sich die Gemeinde 1960 für den Neubau ein schlichtes Backsteingebäude von Emil Steffann, der zusammen mit Nikolaus Rosiny ein Gotteshaus mit Pfarrsaal unter einem Dach um einen mittigen Licht- und Innenhof mit fensterlosen Außenmauern errichtete. Am 14. Dezember 1980 konsekrierte der Kölner Weihbischof Hubert Luthe das Gotteshaus.
Nach der Profanierung der Kirche St. Hedwig im südlichen Eller 2006 wurde das 1973 von Hans Karst geschaffene, große Holzkreuz mit dem sich zuneigenden Gekreuzigten von dort nach St. Augustinus übertragen und vor der Kirche aufgestellt. Zusammen mit St. Gertrud und St. Michael in Lierenfeld gehört St. Augustinus seit 2005 zur Pfarreiengemeinschaft Eller-Lierenfeld.
Regelmäßig finden in St. Augustinus kulturelle Veranstaltungen statt.